La parola "chakra" deriva da un termine utilizzato nel sanscrito, una delle lingue maggiormente diffuse in India. Il riferimento è all'elemento ruota, ma anche più estesamente al concetto di vortice. In occidente, spesso, al termine chakra viene anche attribuito il significato di "centro di forza".
Ad ogni chakra sono associati diversi organi del corpo in grado di risentire negativamente degli squilibri di energia presenti nel chakra di riferimento.
In molte medicine alternative, come la cristalloterapia ad esempio, l'analisi, e il successivo riequilibrio dei chakra, riveste una importanza fondamentale.

Anche nel Reiki i chakra sono ritenuti un nodo importante per la veicolazione ed il passaggio della energia rigeneratrice universale, che dal cosmo reggiunge le cellule dell'organismo.
I chakra presenti nel corpo sono diverse decine, ma solo sette di questi sono considerati primari. A loro sono collegate altrettante ghiandole del nostro sistema endocrino, che svolgono l'importante funzione di secernere ormoni nell'organismo. Gli ormoni, come veri e propri messaggeri, hanno il compito di trasmettere particolari segnali da una cellula ad un'altra, perchè avvengano determinate reazioni chimiche.
Il corpo fisico ed il corpo sottile, quest'ultimo costituito da stato di coscienza, emozioni, pensieri, sono collegati tra loro grazie ai chakra. E' ritenuto possibile che l'intervento con metodiche appropriate sul corpo sottile, possa produrre effetti anche sul corpo fisico.
Lavorare sui chakra permette appunto di raggiungere il corpo sottile.
Per aiutarsi a comprendere e ad individuare i chakra nel trattamento Reiki, questi vengono visualizzati come vortici a forma di imbuto che attraversano trasversalmente il corpo, con la parte più chiusa rivolta verso il lato posteriore, e l'estremità opposta, più aperta, verso il lato frontale del corpo.

CHAKRA N.1 - Radice.
Colore:rosso. Simbolo: quadrato con triangolo interno. Elemento: terra.
Viene idealmente collocato nello spazio compreso tra l'ano ed i genitali. Il suo collegamento più forte è con i reni, le ghiandole surrenali, gli arti inferiori, la colonna vertebrale, l’intestino, il sistema nervoso centrale. E' il plesso radicale e la sua attività fisiologica riguarda la produzione sanguigna, dello scheletro, e la riproduzione.

Un vortice energetico rallentato in questo chakra, attraverso il quale transita l'energia terrestre, toglie stabilità e sicurezza all'individuo, dando la sensazione che frani la terra sotto i piedi. Il suo orientamento è infatti verticale, verso la terra. L'attività di questo chakra è fondamentale per dare rilievo al corpo materiale, all'istinto di sopravvivenza, e per armonizzarci con la natura nel suo complesso. Questo chakra trova giovamento dalla soddisfazione dei bisogni primordiali come alimentarsi, bere, respirare, dormire. I malesseri collegati alla disfunzione di questo chakra sono: emorroidi, obesità, stipsi, sciatalgia, artrite.

CHAKRA N.2 - Centro Pelvico
Colore:arancio. Simbolo: falce di luna in un cerchio. Elemento: acqua.
Si trova sotto il ventre, a circa quattro centimetri sotto l'ombelico. Controlla l'apparato riproduttivo  (gonadi, ovaie, utero, vescica, prostata), e attraverso di esso avviene la trasmissione del piacere sessuale. Il chakra n. 2, detto anche centro pelvico, appare come un centro di grande energia, di colore arancio, legato al mondo della materia, alla gioia di vivere.

Conflitti nell'ambito sessuale ne influenzano negativamente il funzionamento, come anche il tradimento, e il litigio. I malesseri collegati alla disfunzione del secondo chakra riguardano: l'impotenza, la frigidità, le patologie dell’apparato genitale e urinario, e rigidità del tratto lombosacrale. Sotto il profilo psicologico si evidenzia la mancanza di autostima, fobie di vario tipo, predisposizione all'ansietà.

CHAKRA N.3 - Plesso solare
Colore:giallo. Simbolo: triangolo equilatero (punta in basso). Elemento: fuoco.
Detto anche plesso solare, si colloca immediatamente sotto il diaframma. E' espressione della individualità ma anche della buona disposizione verso gli altri, ed è associato alla personale forza di volontà. Gli organi che da lui dipendono sono lo stomaco, l'intestino, il fegato, il pancreas.

Situazioni o persone non tollerate (e che producono contrazioni allo stomaco) portano a perdere la calma, ad esporsi a scatti d'ira, e a disturbi della sfera nervosa. Al plesso solare sono collegati l’affermazione personale e l’esercizio del potere individuale nei confronti del sociale e dell’ambiente. I malesseri dipendenti dalla disfunzione del terzo chakra riguardano le malattie metaboliche, come diabete, dislipidemie, insufficienze epatiche, cirrosi, ulcere gastriche e duodenali, e altre patologie che riguardano i processi digestivi ed assimilativi.

CHAKRA N.4. - del cuore
Colore: verde. Simbolo: doppio triangolo incrociato (esagono). Elemento: aria.
Questo chakra si trova sull’asse del midollo spinale, in corrispondenza del plesso cardiaco. Uno sviluppo incompleto o anomalo di questo chakra nei primi 10-12 anni di vita dell'individuo, oppure un suo successivo blocco, sono condizioni che favoriscono una sostanziale insicurezza nel soggetto. A questo chakra centrale, la cui ghiandola di riferimento è il timo, sono collegati tutti gli altri.

Rappresenta un punto di mediazione tra i tre chakra inferiori, più basali e radicati alla terra, e i tre chakra superiori, più elevati e spirituali. E' sede dello Spirito, sorgente di forza onnipotente. Esprime personalità forte e dinamica, amorevole, e dedita alla famiglia. Risente negativamente di scontri e lotte a livello famigliare, soffre molto l'abbandono e le perdite, con ripercussioni anche fisiologiche, proprio su cuore e polmoni.
Malesseri collegati alla disfunzione del chakra del cuore: disturbi al cuore (ipertensione, tachicardia, aritmie), ai polmoni (asma, senso di oppressione, inefficacia del diaframma), al timo, agli arti superiori, alla circolazione ed al sistema linfatico. Nella sfera psichica ed emozionale si evidenziano sentimenti di asprezza, odio, rancore, ma anche insensibilità, freddezza, indifferenza.

CHAKRA N.5 - della gola
Colore: blu. Simbolo: triangolo equilatero con cerchio interno. Elemento: etere.
Detto anche centro della gola, è a livello del pomo d'Adamo nell'uomo e nell'incavo della gola nella donna, e risponde della buona salute di collo, lingua, bocca, orecchie, naso, denti. E' grazie ad esso che avviene la comunicazione con gli altri e con le divinità. Fisiologicamente controlla la regolarità della tiroide. Il chakra della gola bene aperto permette alla persona di comunicare con voce chiara e ferma, e di essere convincente.

Se invece l'espressione della propria personalità è frenata, oppure, per esempio, si vive con insoddisfazione il proprio lavoro, il chakra della gola tende a chiudersi. La chiusura provoca voce esile, torcicollo, malessere alla gola, e malfunzionamento della tiroide. Con il chakra della gola in buona salute i pensieri possono essere valutati con oggettività, cessa il dominio delle emozioni e delle sensazioni fisiche.
Malesseri collegati alla disfunzione del chakra della gola: disturbi alla tiroide, al collo, alla gola, alla cervicale, alla mascella, alle orecchie, alla trachea, ai bronchi, all'esofago, alle braccia. L'importanza che riveste questo chakra nella comunicazione tra mente e corpo spiega anche l'origine delle malattie psicosomatiche.

CHAKRA N. 6 - Terzo Occhio
Colore: indaco. Simbolo: cerchio con triangolo interno.
Coincide con il punto in cui incrociano i due nervi ottici, "chiasma ottico", e controlla il funzionamento della ghiandola pituitaria e degli occhi. Affaticare la vista per la lettura, per l'uso del computer o altro, nonchè cattivi pensieri, danneggiano questo chakra.

Il terzo occhio, altro nome per indicare questo chakra, quando è particolarmente attivo e sviluppato, permette di vedere il futuro, di avere progettualità, e di sviluppare percezioni extrasensoriali. Gli squilibri energetici in questo chakra si manifestano sotto forma di incubi, fenomeni psichici incontrollati, assenza di sogni, confusione mentale, malessere agli occhi e alla testa, nella regione frontale. Si rileva inoltre una forte influenza da parte di questo chakra su tutti i fenomeni di tipo ciclico dell'essere umano, sia a livello fisico che psichico.

CHAKRA N. 7 - Corona
Colore: viola. Simbolo: loto dai mille petali.
Si colloca prossimamente alla ghiandola pineale e al cervello, e porta in sè anche parte dei sei chakra precedenti. Ego e Superego tendono a restringere questo centro, che può tuttavia tornare ad espandersi, e ad essere illuminato, grazie al risveglio della kundalini, apprestandosi a diventare un fascio di luce simile ad una fiamma di colore cristallo chiaro.

In questa condizione permette di raggiungere la libertà assoluta, la gioia dello spirito, la serenità, e di sperimentare la corrispondenza tra coscienza dell'individuo e coscienza dell'universo. In caso di svenimento il chakra si chiude per proteggere la perdita di coscienza e la fuoriuscita dell'anima. Un difetto in questo centro viene evidenziato dalle vertigini, e, in ambito psicologico, dalla noia, e dalla profonda insoddisfazione. Per la buona salute di questo chakra è importante mantenere un atteggiamento di costante apertura e disponibilità all'ascolto.